猪NTF3启动子区SNP作为公猪繁殖性状分子标记与应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN107022604A(43)申请公布日2017.08.08(21)申请号201610543064.5(22)申请日2016.07.12(71)申请人华中农业大学地址430070湖北省武汉市洪山区狮子山街1号(72)发明人徐德全夏文刘敏李家连丁海生余海乐(74)专利代理机构武汉宇晨专利事务所42001代理人张红兵(51)Int.Cl.C12Q1/68(2006.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书7页序列表2页附图2页(54)发明名称猪NTF3启动子区SNP作为公猪繁殖性状分子标记与应用(57)摘要本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及猪NTF3启动子区SNP作为公猪繁殖性状分子标记与应用。该分子标记克隆自猪NTF3基因的5’侧翼启动子片段，其核苷酸序列如SEQIDNO:1和SEQIDNO:2所示，在SEQIDNO:1或SEQIDNO:2所示的序列的第92位碱基处分别存在一个A/G和G/A的等位基因突变，该等位基因的突变引起MvaI-RFLP的多态性。利用该标记对大白猪和杜洛克猪的公猪繁殖性状进行了关联分析。所述繁殖性状包括公猪精子活力和精子密度性状。本发明还公开了该标记的分型检测方法，为公猪繁殖性状选择提供了新的标记。可应用于公猪繁殖性状评测和种公猪繁殖性能的遗传改良。CN107022604ACN107022604A权利要求书1/1页1.一种与公猪精子活力、精子密度性状相关的分子标记，其特征在于，所述的分子标记的核苷酸序列如下所示：ctggacctcacaggggatgctctccaaggatggtggtgtctgctctctcctcctcgccttcctgggatcctcaggctcacgtagctggtccR(a/g)ggatgacacgcgcccagctgccactgcccgctgctaacacctgtgtctccttttcagctcttacaggtgaacaaggtgatgtcca，该序列的的92位碱基处的R是A或G，该突变导致MvaI酶切位点的改变，并引起MvaI-RFLP多态性；或所述的分子标记的核苷酸序列如下所示：ctggacctcacaggggatgctctccaaggatggtggtgtctgctctctcctcctcgccttcctgggatcctcaggctcacgtagctggtccR(g/a)ggatgacacgcgcccagctgccactgcccgctgctaacacctgtgtctccttttcagctcttacaggtgaacaaggtgatgtcca该序列的的92位碱基处的R是G或A，该突变导致MvaI酶切位点的改变，并引起MvaI-RFLP多态性。2.一种克隆猪NTF3基因5’侧翼序列和权利要求1所述的分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对的的序列如下所示：正向引物F：CGGTGTTGATGGGTTAGG，反向引物R：TTGGAGCCACGGAGATAC。3.权利要求1所述的分子标记在公猪精子活力、精子密度性状选择中的应用。2CN107022604A说明书1/7页猪NTF3启动子区SNP作为公猪繁殖性状分子标记与应用技术领域[0001]本发明涉及猪的分子标记筛选技术领域，具体涉及一种猪NTF3启动子区SNP作为公猪繁殖性状分子标记与应用。本发明与猪育种和标记辅助选择技术领域相关背景技术[0002]分子标记辅助选择(MAS，marker-assistedselection)是随着现代分子生物学技术的迅速发展而产生的新技术，它可以从分子水平上快速准确地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接选择，进行分子育种。分子标记直接以DNA的形式表现，在生物体的各个组织各个发育阶段均可检测到，不受季节环境限制；多态性丰富，数量多；大多数为共显性，能区别纯合体和杂合体。因此，分子标记辅助选择具有高准确性，可用于早期选种，缩短世代间隔。利用分子标记辅助选择进行分子育种与常规育种相结合，可以加快品种改良的速度。[0003]单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)标记是同一物种不同个体基因组DNA的等位序列上单个核苷酸存在差别的现象，它具体是指由基因组单核苷酸变异引起的DNA序列多态性，包括碱基转换、颠换、单碱基插入或缺失等，被公认为是最新的第三代DNA分子标记。根据SNP在基因中的位置可分为基因编码区SNP(coding-regionSNP，cSNP)、基因周边SNP(perigenicSNP，pSNP)以及基因间SNP(intergenicSNP，iSNP)三类。SNP在DNA分子上分布不均匀，在非转录区SNP频率要高于转录区SNP频率，这可能是受进化中选