Lammps入门.pdf

本文结构:

0.写在最开始的话

1.首先确定lammps是不是适合你

2.下载和编译

3.如何使用lammps进行计算

4.关于manual.pdf(20/JUL/07)的阅读建议

5.Comannds的简单讲解

6.解决问题的途径

7.写在最后面的话
温馨提示：
(1)点击标题可直接到相关的“章节”.
(2)为避免混淆,上面的各“章”,在本文中用“步骤2”、“步骤5”这样的词代指;而文中
其它地方出现的“章节”是指lammps手册中的章节.
(3)文中跟某些名词相关的网页已加注超链接,直接点击可浏览该页面以获得更详尽
的信息.

===================================================================

0.写在最开始的话

从2007年5月初开始接触和学习lammps,时至今日,依然对lammps存有很多疑惑.
如同一个刚入门的工匠面对着一台功能强大的复杂机器,不知所措.虽然还有好多好多的
东西要学习,但是也已经了解了一些最最基本的东西了.我可以去帮助那些刚刚入门的人,
正如我刚刚开始学习lammps时诸位热心网友对我的帮助.现在,我写一写自己知道的东西,
希望对lammps的新手有所帮助,不当之处,真诚地希望各位读者多多指正.

我写的这点儿东西,使用者仅限于使用lammps的新手,而且里面只讲到了ubuntu下
编译lammps的单机版,没有涉及并行版的编译.我希望这个“指南”会帮他们更快地了解和
学习lammps.如果你已经在使用lammps了,我觉得这个“指南”是不会对你有什么帮助的.
不过,对于高手来说,如果你有时间,我还是希望你能看完这篇,因为我接触lammps和MD
的时间都不长,我怕我的某些错误会误导新手.所以,希望大家一起努力,完善这个指南.

对这个“指南”有任何的建议,请联系我,联系方式如下:QQ:365449075
Email:*************.edu.cn

另外,我只把这篇文章放在这个由学校提供的个人网页空间.之前QQ空间的那篇文
章,因为对其内容改动较大,故我已将其删除.我并不反对转载,(先自我陶醉一下下,可是
会有吗?呵呵)但是转载之前,请注意:
(1)文章中的一些表述我尚不肯定正确与否.所以转载之前,请你负责任地认真读完
这篇文章并确认你是否认可我的表述.如果发现错误,请及时联系我,谢谢先了.
(2)我知道有些论坛的用户可以设置回复或者付出金币or积分等才能查看某些帖子,
我坚决反对这篇文章被这么做.
(3)本文没有所谓的版权,完全是分享性质的.转载的时候,没有必要著上是我写的,
可是我不希望有一天看到这篇指南成了另外的一个名字的原创.如果你发现文中的错误并
做了修改(最好也通知我),那样我们可以算是这篇文章的共同作者.
(4)严禁本文被用作其它用途.

我还要再次重申,我不想写成像教科书一样的东西.我写这篇指南的意图也绝对不是
“哦,你是lammps新手吧,那你按照我说的做吧.”那我岂不成了教父了?呵呵.要知道,
这篇文章的作者只不过是一个3个月前才知道世上有lammps这款代码的家伙,他根本就没
有完全读完和读懂lammps手册,他对MD的基本理论了解的是少之又少.我只不过是想结
合我学习lammps的过程,写一下我的体会和建议,供新手参考.如果你觉得这个指南对你
有用,那固然很好;但是如果你看后觉得我说的都是屁话,那也很好,你可以按照另外的思
路去学习lammps,同时,你还可以按照我的联系方式大骂我一顿,我也会洗耳恭听的.

如果这篇文章真的对lammps的初学者有些许帮助,那我将感到十分的欣慰.返(回本
文目录)

===================================================================
2.下载和编译

lammps是在linux环境下运行的.所以,首先你要有一个linux环境,如果你已经在用
linux了,那当然再好不过了.(lammps也可以在Windows下编译,但那不是我现在所能理解
的范围.关于这一点,请查阅“材料科学论坛－分子动力学模拟版”的某个置顶帖后面的相关
回帖,但是我个人不推荐这么做.)

如果你跟我一样,听到lammps这个词的时候对linux一窍不通,那么你有两个选择.
要么在你的Windows环境中虚拟一个linux系统,我没有这么做过,所以我不便说什么.不
过我建议你自己在网上搜索在Windows下安装虚拟机虚拟linux的方法,我只是在ubuntu
下虚拟过XP环境(只是用来QQ视频),想来应该差不多的.还有一个方法呢,就是安装一个
linux.新手的话,我个人推荐ubuntu,对硬件支持较好,上手