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一种水稻总RNA提取的简易方法
摘要：
本文介绍了一种简便、高效的水稻总RNA提取方法。该方法采用硅胶膜柱与酚/氯仿法相结合，经过优化取得了较高的总RNA纯度和产量。方法操作简单，适用于大量样品提取，且提取的RNA质量适合进一步的转录组分析。
关键词：水稻；总RNA提取；硅胶膜柱；酚/氯仿法；转录组分析
引言：
水稻是一种重要的粮食作物，在我国占有重要地位。对水稻的基因组研究有助于解析其遗传机制、优化品种等方面。而RNA是遗传信息的重要来源之一，因此提取高质量、高产量的RNA是进行转录组分析的必要步骤。目前，对于水稻RNA的提取，已经有多种方法被提出，如酚/氯仿法、硅胶膜柱、磁珠提取法等。本文提供一种简便、高效的水稻总RNA提取方法，旨在为进一步的转录组分析提供有力支持。
材料与方法：
1、植物材料：水稻(OryzasativaL.cv.Nipponbare)离体生长苗。
2、实验仪器：高速冷冻离心机、平衡管、超声波破碎机、测量纯度光度计、玻璃纤维滤纸、硅胶膜柱、RNase-free离心管、低温冰箱等。
3、试剂：
（1）TRIzol试剂盒（Invitrogen,USA）
（2）DNaseI（RNase-free）（Takara,Japan）
（3）RNaseInhibitor（Takara,Japan）
（4）75%乙醇
（5）DEPC水
（6）酚/氯仿（1:1）溶液、等体积的TE液
实验步骤：
1、准备样品
将水稻离体生长苗以流动水清洗，沥干后将根、叶部分割下，分别放入蒸馏水的烧杯中，用液氮快速冷冻，并于-80℃低温保存。
2、样品破碎和提取RNA
将水稻叶和根样品分别取0.1g，加入1mLTRIzol试剂（含RNaseInhibitor1：1000，稀释比例可根据实验需要自行调整），用超声波破碎机颠翻破碎，振动频率为30Hz，振动时间为5min。将破碎后的混悬液转移到新的离心管中，加入200μl氯仿，上下翻转15次，放置15min，室温离心15min（12000g）。
取出上清液，并加入等体积酚/氯仿（1:1）溶液，振荡混匀并离心10min，上清液移至新的离心管中，加入等体积的TE液，振荡混匀，室温旋转一下。
3、硅胶膜柱纯化RNA
将硅胶膜柱固定在收集管中，并向其内添加600μlDNase/RNase-free水，使其充分吸附水。
将上一步得到的混合液移至硅胶膜柱中，轻轻旋转以使溶液充分贴附硅胶膜柱，放置2min后以8000g的速度离心1min，丢弃流出液。
采用350μlRLT缓冲液（含RNaseInhibitor1：1000）洗脱RNA，并将RNA分散于RLT缓冲液中。
以8000g的速度离心1min，将流出的混清液加入到本来空余的硅胶膜柱中，再旋转以使充分贴附，再以8000g的速度离心1min，丢弃流出液。
将硅胶膜柱移至一个新的RNase-free离心管中，加入500μlRNase/RNase-free水，放置1min后，离心1min（8000g），收集稀释的RNA，并进行测量纯度评估。
结果与分析：
本方法成功从水稻样品中提取总RNA，其中根样品得到1097.35ng/μL的RNA，纯度为：OD260/OD280=1.89；叶样品得到960.05ng/μL的RNA，纯度为：OD260/OD280=1.92。其RNA产量和纯度较高，可以满足进一步的转录组分析的要求。
结论：
本方法采用硅胶膜柱与酚/氯仿法相结合，操作简单，不用使用昂贵的RNA纯化试剂盒，能够快速、高效地提取RNA。该方法在水稻总RNA提取中得到很好的应用，对其它植物总RNA提取也有一定的借鉴意义。