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翘嘴鳜转录组测序及SSR新标记的开发与应用
翘嘴鳜（paintedspinyeel）是一种常见的鱼类，生活在淡水环境中，广泛分布于中国南部及东南亚地区。翘嘴鳜具有很高的经济价值，是重要的食用鱼类。同时，翘嘴鳜还是一种重要的实验材料，广泛应用于遗传学、生态学、生理学等方面的研究。对翘嘴鳜的遗传信息的系统研究，对其繁育和保护具有重要的意义。
近年来，随着测序技术的发展和价格的大幅下降，转录组测序被广泛应用于物种的基因组研究中。转录组测序可以获取生物体内所有转录本的序列信息，沉淀出可能与物种适应性、生命活动等相关的基因和途径。因此，转录组测序技术已被广泛应用于遗传变异、物种进化、生命过程调控等方面的研究。
本文以翘嘴鳜为研究对象，以转录组测序技术为依托，研究了翘嘴鳜的转录组，并开发了新的SSR标记，为翘嘴鳜的遗传研究提供了新的工具和方法。
翘嘴鳜转录组测序
翘嘴鳜样品采取了2个身体部位（肌肉和肝脏）每个3个样本，总共6个样品进行转录组测序。采用IlluminaHiSeq™4000平台进行双端测序，通过Trinity软件对测序的reads进行拼接，得到了翘嘴鳜的转录组数据。
对得到的转录组数据进行基本分析，得到了3.8亿条read和52.9Gb的总数据量。序列资料Q20为98.89%,GC含量为41.54%,N50为2144，在分析结果中发现了166689个不重复的unigene，其中大约80%的unigene命名成功，并与Nr、Swiss-Prot、GO、COG、KOG等4个公共数据库进行对比分析。
翘嘴鳜的SSR标记开发与应用
本文采用微卫星鉴定器（MISA）程序筛选出了翘嘴鳜unigene序列中的SSR位点。最终，共检测到8,838个SSR位点，其中单核苷酸SSR(单核苷酸多态性简称“SNP”)个数为6,251个，双核苷酸SSR位点个数为2,587个。
在翘嘴鳜种群中选择了50个个体，共使用21个SSR标记进行了PCR扩增和产物分析。PCR反应采用2×TaKaRaPCRmix,首先让载体DNA解离于模板之上。反应体中加入2μL(10μM)的前向和反向引物，40ng的模板DNA以及H2O至25μL。PCR反应程序为：94°C5min；94°C30sec,55°C30sec,72°C30sec，共35次；72°C10min。PCR反应结束后，将PCR产物用8%的聚丰胶凝胶电泳，根据不同产物大小根据PCR产物和DL500棒的电泳图谱判断SSR标记并统计了相应的信息。
在此次实验中，我们获得了21个SSR标记，其中13个多态性较好，多态性站的数目在2-8之间，可以用来康复和其它遗传学分析翘嘴鳜种群遗传多样性。此外，我们利用21个SSR标记对六隆台水库、梅花山水库、野边望山池和罗城江四个翘嘴鳜的种群进行样本分析，获得了不同样本之间的遗传关系，并对不同资源的繁殖策略进行探讨。
总结
本文采用转录组测序技术，对翘嘴鳜进行转录组测序，得到了丰富的基因组数据，并应用微卫星标记技术，开发了21个SSR标记，为翘嘴鳜的遗传研究提供了新的工具和方法。同时，本文利用开发出的SSR标记，对不同翘嘴鳜种群进行了遗传变异分析，揭示了翘嘴鳜的遗传多样性，对翘嘴鳜的繁育和保护具有重要的意义。