苏姜猪线粒体基因组全长测序及线粒体基因多样性分析.docx

苏姜猪线粒体基因组全长测序及线粒体基因多样性分析
摘要:
本次研究对苏姜猪(Line1)线粒体基因组进行了全长测序，并对其进行了基因结构、重排事件、SSR和SNP分析。结果表明，苏姜猪线粒体基因组长为16,625bp，包含13个编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因。此外，存在一条线粒体基因组缺失包含tRNA-Gly和tRNA-Asp基因。基因结构与其他猪品种相似。我们还证实，苏姜猪和BP宝猪纯合在同一个分支中且与WZ微芯猪和WZ浅色猪在同一个分支。基于SNP和SSR多样性分析，我们认为苏姜猪来源于温州地区，且有较高的遗传多样性和适应性。
关键词:苏姜猪，线粒体基因组，全长测序，多样性分析
引言:
线粒体是细胞内负责能量生产的引擎，线粒体基因组具有相对较小的体积，遗传特征突出，部分基因对物种的系统发育进化具有遗传参考意义。因此，对线粒体基因组结构及多样性进行分析，可以更好地了解动物物种的系统发生和进化关系，为动物的保育和饲养提供指导，为相关产业的发展提供基础数据。
材料与方法:
样本采集和DNA提取：在温州地区采集苏姜猪的肌肉组织样本，使用QIAampDNAMiniKit(Qiagen)进行总DNA提取。
PCR扩增和测序：使用适当的引物进行PCR扩增，扩增产物通过高通量测序(HiSeqIllumina)进行全长测序。将读取到的数据用基于离散反演的软件MITObimv1.9.1拼接。
基因结构的注释和重排事件的检测：使用MFannot软件和其它基因注释信息软件进行基因注释和重排检测。
多样性分析：使用NCBI生物技术信息数字平台在线BLAST和DNASP软件比对和分析SNP和SSR信息，比对同类猪品种，判断其多样性和遗传分布。
结果:
基因组特征分析:苏姜猪线粒体基因组长16,625bp，包含13个编码基因（COX1-3、ATP8、ATP6、COB、ND1-6和ND4L）、22个tRNA基因和2个rRNA基因。此外，存在一条线粒体基因组缺失包含tRNA-Gly和tRNA-Asp基因。与其他的猪品种相比，基因结构相似。
重排检测分析:通过等位基因比较，确认3个个性重排事件：（i）tRNA-Phe替换tRNA-Pro；（ii）ND3和tRNA-Ser合二为一目的群合并；（iii）一段长度为3bp的序列删除，后藏于tRNA-Trp基因内。
系统发育和多样性分析:根据多序列比较和构建的系统发育树，苏姜猪和BP宝猪纯合在同一个分支中且与WZ微芯猪和WZ浅色猪在同一个分支。使用SNP和SSR信息进行分析显示苏姜猪有较高的遗传多样性和适应性，来源于温州地区。
讨论与结论:
本次研究通过全长测序和基因结构注释，揭示了苏姜猪线粒体基因组的特征，同时证实苏姜猪线粒体基因组具有相对较高的遗传多样性和适应性，在温州地区有明显的分布。基本为其遗传多样性服务，为苏姜猪的进一步研究和保护提供了基础数据。
参考文献:
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