NGS与感染性疾病2018年6月.ppt

NGS和感染性疾病的精准治疗
2003年完成了人类基因组计划下一代测序（next-generationsequencing，NGS）一、NGS是什么？（二）NGS(nextgenerationsequencing)（三）测序平台（四）NGS特点（四）NGS特点（四）NGS特点二、NGS可以为感染性疾病做什么？（一）宏基因组学（Metagenomics）对特定环境中全部微生物的总DNA（也称宏基因组，metagenomic）进行克隆，并通过构建宏基因组文库和筛选等手段获得新的生理活性物质，通过系统学分析获得该环境中微生物的遗传多样性和分子生态学信息
（二）精准医学1、第二届感染性疾病精准医学高峰论坛NGS在感染性疾病中的应用NGS技术应用于细菌感染检测，明确是否存在细菌感染
对菌株进行分型，获得分子血清型、耐药基因谱等信息，分析其菌株进化历史、感染源及感染路径，有助于疾病预防、诊疗和疫苗研发等。结核杆菌耐药
菌株培养难度高，时间长，临床检测受到极大限制。但基因测序技术在检测其菌株毒力和耐药性上有着极大的优势，可以快速检测病原体感染及其耐药性
有望取代现有的培养和分子诊断法病毒
NGS技术主要应用于基因型分析、耐药突变检测及病毒在宿主体内演化，以及暴发感染病毒的快速检测时以协助预防、诊断治疗及疫苗研究等方面。真菌同年6月法国也发生了类似感染，
NGS序列分析发现德国大肠埃希菌菌株基因多样性远低于法国菌株，由此确认其为法国暴发病原体的演化支，明确了感染源北京协和医院在《InternationalJournalofInfectiousDiseases》发表了国内mNGS用于临床中枢神经系统(CNS)感染患者布氏杆菌检出的文章。
2016年6月1日至2017年6月1日临床怀疑CNS感染患者的脑脊液样本。
mNGS快速检出4例患者布氏杆菌感染，结合临床症状和RT-PCR结果验证，患者确诊为神经型布氏杆菌病。mNGS检出序列数从11-104不等，覆盖度从0.0043%-0.4%不等。4例布氏杆菌感染的确诊，展现了mNGS在临床疑难感染病原检测应用的突出优势。8月龄患儿“发热12天，间断抽搐8天，睡眠增多6天”就诊，持续间歇性高热和抽搐。
通过mNGS技术检出单纯疱疹病毒1型(HSV-1)序列数高达35078条，占比99.66%，覆盖度为95%，在相对比例和病毒基因组覆盖度方面都达到了明确诊断HSV-1感染的强度。随后甘露醇降颅压后，阿昔洛韦抗病毒及其他对症治疗后患儿痊愈出院。本文表明除不容易发现的病原外，mNGS针对较为常见的疱疹病毒具有明确诊断意义，为临床不明原因的CNS感染性疾病提供了重要的病原学诊断方法。2014年西非暴发了记录中最大的一次埃博拉病毒感染，暴发时间长，感染和死亡人数高，在世界范围内引起了极大恐慌。通过NGS技术结合数据分析，研究者明确了其基因多样性和易突变性及流行病学特征，追踪其感染起始源及感染路径，预估了病毒感染人体和机体免疫反应的过程，详细阐述了其在宿主体内通过逐渐适应性突变发生的演化从而减小被免疫细胞识别的机会，对疫情的预防、控制，疾病的诊断、治疗和疫苗的研发都起到了极大的促进作用三、三代测序四、缺点四、缺点所谓创新技术，就是在过去异想天开，在今天勉为其难，在未来习以为常。
相信随着mNGS技术在临床的普及应用，会进一步助力精准医学，救助更多患者！