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与法律规定冲突涉税合同无效

江西省吉水县一公司下属的粮油加工厂因经营管理不善，承包给原该厂的一名副厂长经营，双方签订了一份承包合同。合同规定：粮油加工厂单独办理营业执照，独立经营，自负盈亏，但税收由公司统一缴纳。粮油加工厂每月向公司上缴6000元的承包费（其中税金2000元）后，其他经营成果归该副厂长个人所有。合同签订后，粮油加工厂办理了营业执照，并按月向公司交纳了承包费。
税务机关在清理检查时发现，粮油加工厂实行独立经营，办理了营业执照，但未办理税务登记，也未申报纳税。按照税法有关规定，税务机关向其下达了《限期改正通知书》，限其在10日内，向国税机关办理税务登记，对其未按规定办理税务登记处以500元罚款。同时查实粮油加工厂自承包经营以来的收入为73万元。税务机关向粮油加工厂下达了《税务处理决定书》，按其实际销售收入，依6％的征收率计算应纳增值税4.13万元，扣除公司代为缴纳增值税0.8万元，补税3.87万元，并处以0.5倍的罚款。
承包粮油加工厂的副厂长认为，承包经营是为了搞活企业，而且与公司有合同在先，承包期间每月上缴6000元承包费（其中税金2000元）后，其他事宜自己一概不管。纳税多少是公司的事，与粮油加工厂无关。
《增值税暂行条例实施细则》规定：“企业租赁或承包给他人经营的，以承租人或承包人为纳税人。”《税收征管法实施细则》进一步明确：“承包人或者承租人有独立的生产经营权，在财务上独立核算，并定期向发包人或者出租人上缴承包费或者租金的，承包人或者承租人应当就其生产、经营收入和所得纳税，并接受税务管理。”因此，原副厂长承包的粮油加工厂，应当作为单独纳税人进行申报纳税，接受税务管理。
粮油加工厂与公司签订的关于每月缴纳2000元税金的协议问题，根据《税收征管法实施细则》，“任何部门、单位和个人作出的与税收法律、行政法规相抵触的决定一律无效；纳税人签订的合同、协议与税收法律、行政法规相抵触的，一律无效”的规定，该协议是一份违反税法的无效合同，税务机关当然不予考虑，应以实际销售额和征收率来计算征收增值税。
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