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非居民股权转让关注的9个问题
含义：只针对非上市股权转让
国税函[2009]698号文明确规定，本通知所称股权转让所得是指非居民企业转让中国居民企业的股权（不包括在公开的证券市场买入并卖出中国居民企业的股票）所取得的所得。这就意味着这个文件只适用于非居民企业转让非上市的中国居民企业股权。
值得注意的是，按照国家税务总局颁布的《关于境外注册中资控股企业依据实际管理机构标准认定为居民企业有关问题的通知》（国税发[2009]82号）文件规定，部分在境外注册的中资控股企业可以依据实际管理机构标准被认定为中国居民企业。如果非居民转让所持有的这些属于中国居民企业的境外注册中资控股企业的股权是否需要依据698号文处理可能尚存在一定争议，笔者倾向于这样的转让不宜适用698号文。
申报：7日内完税
一般来说，如果非居民企业将股权转让给我国境内企业，境内企业需要依法履行源泉扣缴义务，但是限于税收征管还不健全，部分扣缴义务人可能无法履行扣缴义务。
如果非居民企业将股权转让给境外企业，这属于纯粹的离岸交易，扣缴义务几乎无从谈起。因此，698号文明确要求，扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务的，非居民企业应自合同、协议约定的股权转让之日（如果转让方提前取得股权转让收入的，应自实际取得股权转让收入之日）起7日内，到被转让股权的中国居民企业所在地负责该居民企业所得税征管的主管税务机关申报缴纳企业所得税，非居民企业未按期如实申报的，依照税收征管法的有关规定处理。
股权转让所得：转让价减除股权成本价后的差额
股权转让所得是股权转让价和股权成本价之间的差额。股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币性资产或者权益等形式的金额。如被投资企业有未能分配的利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。
这是在698号文出台之前，纳税人和税务机关之间在实际征管工作中存在争议最大的地方。个别企业认为这样会造成对留存收益的重复征税。笔者认为，企业股权转让过程中，很难确认股权或转让时点被转让股权企业账面留存收益的准确数额，而且单纯依据会计标准确定留存收益并不科学，依据所得税收入费用有关确认扣除标准对这些留存收益进行调整又不具备可操作性，因此对随同股权一并作价转让的留存收益部分不给予免税待遇是合适的。为了降低税负，企业在实际进行股权转让时，可以考虑对有关留存收益先进行分配，在按照分配以后的股权作价转让，这样可以合理降低一部分税负。