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关于预计利润率高于实际利润率应予退税的说明
全国范围内，还没有收集到预计利润率高于实际利润率实现退税的案例。但是多数税务机关都认为不可以退税，准确的说，只有一个税务人员认为可以退税。各房地产公司都期待本案例结束，可以作为参照。本案例正在推进中。
关于预计利润率高于实际利润率应予退税的说明
一、《企业所得税法实施条例》的原则性规定
《企业所得税法实施条例》第九条规定，“企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用；不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期的收入和费用。“
第五十六条规定，“企业的各项资产，包括固定资产、生物资产、无形资产、长期待摊费用、投资资产、存货等，以历史成本为计税基础。前款所称历史成本，是指企业取得该项资产时实际发生的支出。”
因而，我们可以很清晰的得出一个结论，企业所得税是以实际成本按权责发生制进行收入与成本的扣除。需要特别强调的是，以实际成本按权责发生制进行扣除是企业所得税的最基本的原则性规定，查帐征收企业不存在以估计成本进行最终成本扣除的规定，必须以实际成本按权责发生制作为扣除的原则。
二、国税发[2009]31号的规定梳理
国税发[2009]31号第九条“企业销售未完工开发产品取得的收入，应先按预计计税毛利率分季(或月)计算出预计毛利额，计入当期应纳税所得额。开发产品完工后，企业应及时结算其计税成本并计算此前销售收入的实际毛利额，同时将其实际毛利额与其对应的预计毛利额之间的差额，计入当年度企业本项目与其他项目合并计算的应纳税所得额。”
国家税务总局公告2014年第63号《关于发布《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表(A类，2014年版)》的公告》对于预计毛利额进行了进一步解释，“销售未完工产品预计毛利额”填报“房地产企业销售未完工产品取得的销售收入按税法规定预计计税毛利率计算的金额。”
因而根据预计毛利率计算出来预计毛利额本质上是对成本的一种预估行为，是为了保证税款的平衡入库而进行的协调性规定。
但是国税发[2009]31号并没有突破企业所得税条例对于历史成本与权责发生制的规定，同时规定开发产品完工后，企业应及时结算其计税成本并计算此前销售收入的实际毛利额，同时将其实际毛利额与其对应的预计毛利额之间的差额，计入当年度企业本项目与其他项目合并计算的应纳税所得额。因而实际上，国税发[2009]31号也仍然遵循根据历史成本按权责发生制进行扣除的原则。
三、预计毛利额低于实际利润额应于退税
预计毛利额高于实际利润额，实质上就是预估成本低于实际成本，除此外无法做第二种理解。根据那么实际成本高于预估成本的部分是否可以扣除呢？根据《国家税务总局公告2012年第15号》的规定，“根据《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定，对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。”
因而实际成本高于预估成本的部分，完全符合“实际发生”且“少扣除的支出”，在5年内追补至该项目发生年度计算扣除。
同时根据《国家税务总局公告2012年第15号》的规定，“企业由于上述原因多缴的企业所得税税款，可以在追补确认年度企业所得税应纳税款中抵扣，不足抵扣的，可以向以后年度递延抵扣或申请退税。”
因而可以申请退税是《国家税务总局公告2012年第15号》的明确规定。
四、国税发[2009]31号没有不可以退税的禁止性规定
国税发[2009]31号第九条规定，“企业销售未完工开发产品取得的收入，应先按预计计税毛利率分季(或月)计算出预计毛利额，计入当期应纳税所得额。开发产品完工后，企业应及时结算其计税成本并计算此前销售收入的实际毛利额，同时将其实际毛利额与其对应的预计毛利额之间的差额，计入当年度企业本项目与其他项目合并计算的应纳税所得额。”
国税发[2009]31号第九条规定，实际毛利额与其对应的预计毛利额之间的差额，计入当年度企业本项目与其他项目合并计算的应纳税所得额，对于是否可以进行退税没有明确的表述，但是我们肯定也无法通过国税发[2009]31号第九条就得出结论，国税发[2009]31号规定实际毛利额与其对应的预计毛利额之间的差额一定不能通过退税处理，是否可以退税需要根据其他的税法文件来进行判定，其他税法文件有明确规定的从其规定。
如果我们根据国税发[2009]31号第九条得出结论，实际毛利额与其对应的预计毛利额之间的差额，只能计入当年度企业本项目与其他项目合并计算的应纳税所得额，并且只有唯一的这一种处理方式。那么凡是预计毛利额高于实际利润额的房地产项目公司的企业所得税由于没有后续项目来补