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增值税发票的办理程序
增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明;是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。
1、利用防伪税控认证子系统对企业提供的抵扣联进行防伪认证(对计算机不能识别但票面清晰的专用发票，按票面信息进行人工校正)，根据认证结果的不同，分以下情况进行处理：
(1)认证相符的专用发票(包括人工校正认证相符)认证完毕后，当场向企业下达《认证结果通知书》和认证清单，要求企业当场核对发票份数，并返还企业认证相符的增值税专用发票;
(2)无法认证、纳税人识别号认证不符和发票代码号码认证不符(指密文和明文相比较，发票代码或号码不符)的发票，将发票原件退还纳税人;
(3)密文有误、认证不符(不包括纳税人识别号认证不符和发票代码号码认证不符)和抵扣联重号的专用发票必须当即扣留;对远程认证结果为“认证未通过”的专用发票抵扣联，应在发现的当日通知纳税人于2日内持专用发票抵扣联原件到税务机关再次认证，对仍认证不符的或密文有误的发票，必须当即扣留;
(4)对于扣留的专用发票(包括运输发票)，认证人员应填写《增值税专用发票抵扣联扣留通知书》，随同《认证结果通知书》和《专用发票认证结果清单》交纳税人作为扣留凭证，同时填写《认证不符或密文有误专用发票转办单》，与扣留的专用发票抵扣联原件及电子数据，于发现的当日移送稽查部门;专用发票注明金额在十万元以上的，则须立即将专用发票原件和电子数据移送稽查局查处，同时将此情况立即向主管领导报告，主管税务机关要立即将此情况以电话直接通知总局，并最迟于次日将专用发票复印件、《防伪税控认证不符和密文有误增值税专用发票情况表》直接传至总局，同时逐级抄报省局。
2、如果企业报送税务机关认证的发票抵扣联已污损、褶皱、揉搓，无法运用认证子系统进行认证的，可允许纳税人用相应的其他联次进行认证(采集)，处理方式同上。