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如何合并缴纳总分机构适用不同税率企业所得税

问：我公司在陕西省新成立一个分支机构，总公司企业所得税适用税率为15%，分支机构的所得税如何合并缴纳?
答：《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)第二条规定，居民企业在中国境内跨地区(指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同)设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业(以下简称汇总纳税企业)，除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。
第五条规定，以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
(三)新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
(五)汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
第六条规定，汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库;50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。具体的税款缴库或退库程序按照财预〔2012〕40号文件第五条等相关规定执行。
第十五条规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例;三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构;三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下：某分支机构分摊比例=(该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和)×0.35+(该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和)×0.35+(该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)×0.30
分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现本办法第五条第(四)项和第十六条第二、三款情形外，当年不作调整。
第十八条规定，对于按照税收法律、法规和其他规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款。
《陕西省国家税务局、地方税务局转发国家税务总局关于印发的通知》(陕国税发〔2008〕99号)第一条规定，总机构及其分支机构均在我省的，分支机构的企业所得税暂维持现有的征收管理方式和缴纳方式不变。2008年1月1日以后新设立的省内跨市总分机构企业所得税暂由总机构在其所在地统一计算，汇总缴纳。
根据上述规定，无论总机构及其分支机构均在陕西省还是总机构跨省设立分支机构的，新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。对于总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款。