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重新取得合法发票准许抵扣进项税款

问：上个月，我公司新来的采购员小李在从某供货单位购买钢材时开得了一张增值税专用发票，进项税款为68万元，没通过主管国税局的认证，进项税款不允许抵扣。经鉴定，该发票为销售方以非法手段获得的。但是经税务机关调查核实，我公司与销售方存在真实的交易，专用发票上注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明我公司知道该专用发票是以非法手段获得的。我公司遇到的这种情况应该怎么办？
答：国家税务总局《关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函[2007]1240号）规定，根据国家税务总局《关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[2000]187号）规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，指购货方与销售方存在真实交易，且购货方不知取得的增值税专用发票是以非法手段获得的。纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款；如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款。
国税函[2007]1240号同时规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于《税收征管法》第三十二条”纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条”税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。因此，您所在单位属于善意取得虚开增值税专用发票行为，如能够重新从销售方取得合法、有效的专用发票，准许抵扣进项税款。
国税函[2007]1240号所说的”重新取得合法、有效的专用发票”，要符合国税发[2000]187号文件的规定，即购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关已经或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。
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