肺炎克雷伯菌全基因组DNA芯片研制及基于LVPC分型方法研究的开题报告.docx

肺炎克雷伯菌全基因组DNA芯片研制及基于LVPC分型方法研究的开题报告
一、研究背景及意义
肺炎克雷伯菌（Klebsiellapneumoniae）是一种革兰氏阴性菌，常常引起医院内感染，且近年来其耐药性不断增加，对公共卫生安全产生了较大的威胁。目前肺炎克雷伯菌的分型主要依赖于多重PCR、PFGE、MLST等技术，存在一定的局限性。
DNA芯片是一种基于突变型或多态型基因SNP（单核苷酸多态性）或其他标记位点的高通量检测平台，其可以快速、准确地对目标菌株进行基因组水平的分型及鉴定。
本研究旨在研制肺炎克雷伯菌全基因组DNA芯片，并利用该芯片结合LVPC分型方法对临床肺炎克雷伯菌菌株进行分型，对该菌株的流行病学及耐药机制进行探究，为肺炎克雷伯菌病原学及耐药机制研究提供有力支持。
二、研究内容及方法
（一）研究内容
1.研制肺炎克雷伯菌全基因组DNA芯片；
2.对该芯片进行验证及优化；
3.结合LVPC分型方法对临床肺炎克雷伯菌菌株进行分型；
4.对分型结果进行比对及相关性分析，探究其耐药机制及流行病学意义。
（二）研究方法
1.肺炎克雷伯菌全基因组DNA芯片设计：对已有的肺炎克雷伯菌基因组序列进行分析，选择代表性的SNP位点或其他标记位点进行设计，构建肺炎克雷伯菌全基因组DNA芯片；
2.芯片验证及优化：对设计好的芯片进行初步验证及优化，包括芯片的灵敏度、特异性及重现性等；
3.LVPC分型方法：结合文献报道及实验室的已有研究经验，对肺炎克雷伯菌菌株进行LVPC分型；
4.分型结果分析：利用聚类分析等方法对分型结果进行分析，探究其菌株间关系及耐药机制等相关性问题。
三、研究计划及时间安排
（一）研究计划
1.第一年（6个月）：制备肺炎克雷伯菌全基因组DNA芯片及初步验证；
2.第二年（6个月）：对芯片进行优化及完善，并结合LVPC分型方法对临床菌株进行分型；
3.第三年（6个月）：对分型结果进行统计及分析，并撰写成果报告。
（二）时间安排
第一年：芯片制备及初步验证（前三个月），芯片优化及完善（后三个月）。
第二年：结合LVPC分型对临床菌株进行分型（前六个月）。
第三年：分型结果统计及分析、撰写成果报告（前六个月）。
四、预期成果及意义
（一）预期成果
1.研制出肺炎克雷伯菌全基因组DNA芯片；
2.对该芯片进行初步验证、优化及完善；
3.结合LVPC分型方法对临床菌株进行分型；
4.对分型结果进行统计及分析，并探究其菌株间关系及耐药机制等相关性问题。
（二）意义
1.通过构建肺炎克雷伯菌全基因组DNA芯片，可以对该菌株进行基因水平的分型及鉴定，探究其流行病学及耐药机制；
2.LVPC分型方法可以对菌株进行更精准、快速地分型，为相关研究提供了技术支持；
3.对肺炎克雷伯菌的分型及病原学研究有助于开展相应的防控措施，维护公共卫生安全。