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注销企业怎么还有留抵税额

小王的某个朋友有一家公司，最近刚进行了注销登记，但还有部分期末留抵增值税款，对此，小王和朋友都不知该如何处理。
老师：期末留抵税款是怎么形成的？
小王：增值税是按期计算的，同时按销项税额减去进项税额的差额纳税，一定程度上讲，增值税的留抵税额可视同时间性差异。
老师：企业注销期末的留抵税额还是时间性差异？
小王：一旦增值税链条断裂，这个留抵就形成了永久性差异，这也是我困惑的地方。按道理讲，注销时，企业应该进行增值税总汇算，如果期末是留抵，应该将前期缴纳的税款退还，但是我查了文件，并没有相关规定。财政部、国家税务总局《关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕165号）规定，增值税一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
老师：确实是这样的。如果从增值税原理及整个链条来看，注销时的留抵税款应该退还给企业，但现在并没有明文规定。企业不能苛求政策的变化，只有自己主动适应政策，即尽可能将整个商品贸易压缩在一个纳税期内。
小王：我以前只关注会计的分期，没有关注税收上的“分期”。
老师：税收也存在分期的概念，比如企业所得税按年计算，增值税及营业税按期结算，当税款是按差额征收的话，我们就要注意时期的把握问题。
小王：为什么国家税务总局不立法规定可以退税呢？
老师：从税收原理上讲，税收有个观念即不承担企业的经营风险，因为国家并不参与企业税后利益的分配。从实践角度来看，真亏损和假亏损还需要一个鉴别的过程。从企业经营的目的来看，就是为了盈利，也就意味着企业应该有利可图。如果发现亏损，企业应该采用有效的方式来止亏。从增值税征收方式来看，由于其按月计算，其差异的修正速度会很快，所以注销处置完资产还有期末留抵并不是常态。
小王：但现实中确实出现了留抵税款。
老师：这个问题需要结合其他相关科目进行分析，比如是否有应付账款无法支付，是否有期末存货长期不变现等。从实践来看，出现这种情况可能存在收入不入账和虚开发票的问题，有经验的税务人员肯定会沿着这条线索去分析，比如核实企业在注销时资产处置的真实性，是否存在应付账款做收入，是否有存续企业等情形。
小王：感觉企业注销时，如果出现增值税留抵税款，相当于给自己挖坑，自己把问题暴露给了税务机关。
老师：确实是这样，有经验的税务检查人员还会用“期末存货×适用税率”来比较增值税期末留抵税款，如果出现期末留抵数额较大的情况，就会被视为异常情况。
小王：现在增值税扩大抵扣范围后，这种情况很普遍啊。
老师：2009年以后，上述比较方法中还需要剔除购进的固定资产抵扣进项税额的部分，这个数据在申报表中很好获取。